Руководящим органом Мирового нефтяного совета является Совет, заседания которого проводятся один раз в год. Для разработки и реализации стратегии каждые три года общий состав Совета избирает президента и Исполнительный комитет. Совет также выбирает из числа кандидатов страну – организатора следующего Мирового нефтяного конгресса.
Для обеспечения актуальности и научного уровня мероприятия Совет каждые три года избирает Программный комитет Конгресса, члены которого несут ответственность за обеспечение высокого уровня программы Конгресса. Для работы в Программном комитете Совет отбирает 11 экспертов из числа кандидатов, предложенных странами – членами МНС. Вице-президент МНС по Программе Конгресса и председатель Программного комитета могут расширить состав Программного комитета для улучшения профессионального, гендерного и географического баланса.
Молодые люди, работающие в нефтегазовой отрасли, представлены в Комитете молодых специалистов МНС, помогает привлекать молодых людей в нефтегазовую сферу, формируя реалистичный образ отрасли с ее проблемами и возможностями. Комитет молодых специалистов планирует и реализует молодежную программу Мировых нефтяных конгрессов, раз в три года проводит Молодежные форумы МНС, управляет Программой наставничества МНС, координирует работу молодежного актива Национальных комитетов МНС. Каждая страна, входящая в Мировой нефтяной совет, может назначить в Комитет молодых специалистов представителя и его заместителя.
Секретариат Мирового нефтяного совета находится в Лондоне. Его команду возглавляет генеральный директор.